Wetenschappers decoderen olijfboomgenoom

Onderzoekers van het Centre for Genomic Regulation (CRG), de Real Jardín Botánico (CSIC-RJB) en het Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG-CRG) hebben het genoom van de olijfboom gedecodeerd met behulp van een 1,300 jaar oud exemplaar van de Spaanse Farga-variëteit als referentie.

In de afgelopen 10 jaar is de genetische code van een aantal plantensoorten verzameld, geannoteerd en openbaar gemaakt. Nu kan de olijfboom worden toegevoegd aan deze lijst van plantengenomen waarvan de sequentie is bepaald. Het driejarige onderzoeksproject werd gefinancierd door de Spaanse bank, Banco Santander, en gepubliceerd op 27 juni 2016 in GigaScience, een open-data tijdschrift

Het onderzoeksproject werd gecoördineerd door Pablo Vargas, een onderzoeker van CSIC Real Jardín Botánico, die het proces in een persbericht uitlegde:

"Genoomsequencing bestaat uit drie fasen: eerst alle genen isoleren, die we twee jaar geleden publiceerden. Ten tweede, assembleer het genoom, wat een kwestie is van het de een na de ander ordenen, zoals losse zinnen in een boek aan elkaar koppelen. Identificeer als laatste alle genen, of bind het boek. De laatste twee fasen zijn wat we hebben gedaan en nu presenteren.”

Tijdens het identificatieproces van de genen van de olijfboom ontdekten de onderzoekers dat het meer dan 56,000 genen had, veel meer dan andere plantensoorten, en het dubbele van het menselijk genoom.

De onderzoekers hebben ook onthuld dat door gebruik te maken van een 1,300 jaar oud exemplaar van een olijfboom, dit de eerste keer was dat zo'n oude ​"individu” heeft zijn genoom gesequenced. ​"Tot nu toe hebben alle individuen waarvan de sequentie is bepaald, van de fruitvlieg (Drosophila melanogaster) tot de eerste geanalyseerde mens, een bepaalde tijd geleefd, afhankelijk van hun beperkte levensverwachting. Dit is de eerste keer dat het DNA van een persoon van meer dan 1,000 jaar oud, en dat waarschijnlijk nog 1,300 jaar zal leven, is gesequenced”, onthulden onderzoekers Pablo Vargas en Toni Gabaldón (CRG).

Door de genetische code van de olijfboom te begrijpen, kunnen wetenschappers verschillende factoren begrijpen die verband houden met de boom, waaronder de levensduur, het aanpassingsvermogen aan droge omstandigheden en verschillen tussen de variëteiten, maten en smaak van olijven. Uiteindelijk zal dit ook nieuw onderzoek mogelijk maken naar genetische verbetering voor de productie van olijven en olijfolie, en hoe de olijfboom te beschermen tegen bacteriën en infecties.

Om verder onderzoek te vergemakkelijken, is de volledige sequencing van het olijfboomgenoom beschikbaar gemaakt in het publieke domein op de GigaScience GigaDB-database.

• GigaWetenschap


• Giga-database